به دلیل فقدان اندام های بالقوه، پیوند هپاتوسلولار به عنوان درمانی برای بیماری های کبدی پیشرفته محسوب می شود. سلول های بنیادی پرتوان القایی(iPSCs) از بازبرنامه ریزی سلول های سوماتیک تولید شده اند و قادر به تمایز به هپاتوسیت ها هستند.
محققان چینی در مطالعه ای به بررسی مکانیسم های دخیل در تمایز iPSCها به هپاتوسیت ها پرداختند.
پایگاه داده GSE66076 از Gene Expression Omnibus دانلود شد؛ این پایگاه داده شامل داده های سه نمونه تمایز نیافته از iPSCها(T0) و سه نمونه از اندودرم قطعی(T5) و سه نمونه هپاتوسیت اولیه(T24) حاصل تمایز iPSCها به هپاتوسیت بود.
ژن های بیان شده به صورت افتراقی(DEGs) بین نمونه های T0تا T5 یا T24 با استفاده از مدل های خطی بسته های داده های میکرواری در بیوکنداکتور شناسایی شده اند و آنالیزهای غنی سازی صورت گرفت.
با استفاده از بسته آنالیز شبکه همبستگی وزن در R، کلاسترهای برای DEGهای ادغام شده مورد شناسایی قرار گرفتند.
Cytoscape برای ساخت شبکه های برهمکنش های پروتئین-پروتئین(PPI) مورد استفاده قرار گرفت تا DEGها را در راستازی کلاسترهای قابل توجه شناسایی کند.
با استفاده از ReacomeFI pluginدر Cytoacape، شبکه های برهمکنش عملکردی(FI) برای ژن های معمول ایجاد شد. مجموع ۴۳۳ و ۱۳۴۲ DEG در کلاستر آبی شناسایی شد که در آن FGF2 گره کلیدی می تواند با BMP2 برهمکنش کند.نشان داده شد که CDK1 بالاترین درجه(درجه ۷۱) را در شبکه PPI برای DEGها در کلاستر turquoise نشان داد.
آنالیزهای غنی شده برای ژن های معمولی شامل HNF4Aو EGF در شبکه FI نشان داد که EGFو FGF2 در مسیرهای پیام رسانی Ras و Rap1 غنی سازی شده اند. نتایج حاضر نشان می دهد که ممکن است FGF2، BMP2، CDK1، HNF4A و EGF در تمایز iPSCها به هپاتوسیت ها نقش داشته باشند.
